Međunarodni sud za ratne zločine na području bivše Jugoslavije u Haagu podigao je 2001. optužnicu protiv Ante Gotovine, optužujući ga za planiranje etničkoga čišćenja i ratne zločine.
Gotovina je odbio primiti optužnicu te je od podizanja optužnice do uhićenja bio u bijegu na nepoznatom prebivalištu. Nakon višegodišnjeg skrivanja, uhićen je na Kanarskim otocima u Španjolskoj prije točno 12 godina, 7. prosinca 2005. godine.
Suđenje Anti Gotovini počelo je 11. ožujka 2008. godine na Haškom sudu, a sudilo se i Mladenu Markaču i Ivanu Čermaku.
Na svojim prvim pojavljivanjima pred Haškim sudom izjasnili su da se ne osjećaju krivima. Haški sud je nepravomoćnom odlukom u prvostupanjskom procesu 15. travnja 2011. proglasio krivim Antu Gotovinu kao sudionika udruženog zločinačkog pothvata, krivim za djela progona, deportacije, pljačke, razaranja, ubojstva, nečovječna djela i okrutno postupanje, a sud ga je oslobodio odgovornosti za prisilno premještanje. Određena mu je kazna od 24 godine zatvora.
Dana 16. studenog 2012. general Gotovina je drugostupanjskom (pravomoćnom) presudom oslobođen optužbi i pušten na slobodu.
